Program Studi Linguistik Terapan berdiri pada tanggal 6 Agustus 2001 di bawah Sekolah Pascasarjana Universitas Negeri Yogyakarta. Sebelumnya, ini merupakan inisiatif dari kelompok studi linguistik di Fakultas Bahasa dan Seni, yang berfokus pada semua studi bahasa sebagai suatu sistem. Selanjutnya dalam perkembangannya, Program Studi Linguistik Terapan menyediakan tiga konsentrasi yaitu: Pendidikan Bahasa Asing, Pendidikan Sastra, dan Penerjemahan.
Pada tahun 2020, Program Studi Linguistik Terapan dipindahkan dari Sekolah Pascasarjana ke Fakultas Bahasa dan Seni karena dianggap sebagai program monodisiplin.